一个神秘线人通过公用电话向亚历克斯提供了关键情报－－－军方的重装备和火力已经迫使变异怪物无法在地表立足－但是它们转入纽约复杂的地铁和下水道系统之后，反而使人类的清剿部队陷入了游击战的泥潭之中。如果亚历克斯可以把军方最新研制的“血毒”（x）解毒剂带入地下，就能把怪物们逼出地表，从而达到歼灭目的。

亚历克思不仅成功履行了这一任务，还击杀了怪物们的首脑伊丽莎白。在将伊丽莎白吸收后，亚历克斯获知黑色守望打算发射核弹，摧毁整个纽约。在经过和超级猎手的最终决战后，亚历克思消灭了黑色守望的野心家们，驾驶着直升机把核弹投入了大西洋，自己也因为核爆粉身碎骨，其中有一片残骸飞入曼哈顿岛，被一只乌鸦啄食。

谁知病毒却吞噬了乌鸦，亚历克斯二度复活。生化暴乱平息后，亚历克思离开了纽约，开始环游世界，并且了解人类。在旅途的过程中他看透了人类的丑恶，对人类彻底丧失了信心。他在二代中组建自己的进化体大军，大肆向外界扩散病毒，其实是给人类提出了一种能够彻底保护他们的“终极方案”－－－如果人类全部感染病毒成为进化者后，就可以消灭等级和阶级，做到人人平等，不再有疾病困扰，也不再有纷争和利益所导致的冲突。尽管听上去十分牵强，但这确实是官方的“亚历克思变成大魔头”的原因。

也就是说。虐杀原型2实际上就是因为一只害死人不偿命的乌鸦点燃的导火索，听上去有些操蛋，不过游戏房给出的消息就是如此，轩辕擎天也没得办法！

轩辕擎天在进入虐杀原型2。一定会被限制各种各样的能力，毕竟以他本身的能力别说是一个亚瑟，就算是三四个也绝对不会是他的对手、按照超能游戏空间系统的习惯，只要是天启者严重高于对方的实力就会被压制，轩辕擎天自然是学会了如何预防这一类的现象。比如说提前兑换好枪支弹药，然后安排现实世界里面的所有事宜，之后才会进入到虐杀原型的场景游戏里面。