万历三十二年，郑芝龙出生在南安石井一个小吏家庭，原名一官，字飞黄，后改芝龙。后来他还有一个曰本名字叫做平户老一官，一个荷兰名字叫尼古拉·一官(nicholasiquan)。

石井为闽南渔村，郑一官“少落魄”，从小习海事。父老乡亲说他“性情逸荡，不喜读书，有膂力，好拳棒”，跅弛放纵，渐流荡逸。

郑一官十七岁时，因家庭生计艰难，偕其弟芝虎、芝豹赴当时中外贸易中心地点之一的广东香山澳依舅父黄程。黄程是个海商，在澳门从事海外贸易。他留下郑一官在身边做帮手，协助商务。郑一官在商业竞争和利益角逐中施展自己的智慧和才干，学会经商贸易，到过巴达维，并学会了卢西塔语和葡萄牙文。在与葡萄牙人打交道中，受其影响，接受天主教洗礼，取教名贾斯帕，另名尼古拉，外国人称他尼古拉·一官。

黄程营商置舶，兴贩东洋，见郑一官能干，谴其附曰本平户华侨李旦（泉州人）之舶，押送一批白糖、奇楠、麝香、鹿皮等货物，从香山澳放洋，远赴曰本，侨居长崎。人地生疏，始以“卖履”为业，或兼“为人缝纫以糊其口”。后转经商，为其舅黄程贩卖白糖、奇楠、麝香等物。郑一官从事商业活动和对外贸易，后寄身李旦门下，帮助李旦做生意，成为当时最有势力的海商李旦的部下，并“以父事之”。李旦资本雄厚，拥有一支船队，专门从事海外贸易，是当地华侨的首领。李旦觉得一官能干可靠，“抚为义子”，交给一部分资产和船只让他到越南做生意，获大利。不数年，郑一官成为巨贾，常往来中国、曰本间，居日华侨，咸推重之。

郑一官还热心学习剑术，认识了“为邑主锻刀剑”起家的“泉州冶工翁姓者。”郑一官以领袖华侨之资格，晋谒曰本幕府大将军德川家康於骏府献药品，家康亲问以中国事，大喜，命招待于长崎宾馆，赐赉优渥。郑一官受幕府召见，曰本人视为光荣显赫人物，自是地方豪贵常从交游，称为“老一官”。

平户岛为当时曰本对外贸易中心，各国商船云集。由于郑一官熟悉海外事情，又善外交，为曰本zf所重视，初召后“屡访藩士家”。后迁肥前国平户，受到松浦侯优遇，松浦侯为在长崎附近平户的河内浦千里滨赐宅地建新居，并介绍平户侯之家臣田川昱皇之女田川松缔婚。

田川昱皇即翁昱皇，是中国迁平户的侨民，在曰本为田川氏。田川松曰本人，系翁昱皇养女，故又称翁氏。田川氏，年方十七，性端淑。成婚翌年，甲子古历七月十四日辰时，田川氏出游千里滨，拾文贝，俄将分娩，未及回家，乃依滨内巨石以诞，是为长子郑森。

郑一官并没有在曰本看着老婆孩子过平静的生活，他在义父李旦的指派下去给西班牙人做了通事，主要负责联络明国海盗，共同对付朝廷水师，劫掠商船。