虽然三省攻台期间的兵员损失在之后的几年内得到了弥补，但是面对强大的郑军水师，已经在琼州“地产”项目上捞足了钱的粤省方面自然无可奈何，甚至有些甩掉包袱的后快，为此，即便郑军光明正大的打出大明广东布政司的旗号也无动于衷。

不过粤省方面可以漠视大明旗号在一海之隔的琼州飘扬，但闽浙两省却不能对已经把控制区扩大上陆的大明浙江、福建两布政司视若无睹。但是无论地形崎岖的山地，且又毗邻大海，清军根本无法清除郑军的势力，一时间只能拆东墙补西墙调集大军严防死守，但是依旧不能保证杜绝郑军派遣的探谍的渗透。

是乎是对清廷望洋兴叹的嘲笑，大明永历四十五年九月二十六日，洪磊在舟山本岛正式宣布置定海府，新建的定海府辖昌国、翁山、象山三县，并以原审官司司官、朱成功养女婿、仪宾甘孟煜为定海知府。虽然，新成立的定海府所辖三县拢总只有二千七百余户人家、一万一千余口，但这毕竟是大明浙江布政司下辖的第一个府，象征着郑军已经彻底吹响了反攻的号角，政治上的意义无法估算。

当然，除了政治上的作秀以外，郑克臧又在浙江南部的洞头洋上设立洞头都督府和太平县，并将伏波舰队本队及新成立的海龙骧师第七团移驻洞头，籍此作为威慑温台地区的基地。不过考虑到通讯联络的问题，洞头都督府和太平县此时并不属于浙江布政司管辖，而是直接隶属于东宁直辖。

十月初七，接掌闽海巡航任务的镇国舰队在台风间隙派兵重登金门、厦门，郑克臧随即复设思明都督府主掌金厦事务，同时监控海澄、同安一线。鉴于两岛与大陆距离甚近，因此镇国舰队并没有派遣炮船进驻，只是安排了几艘通报船定期巡航，不过两岛都兴建了新式的棱堡作为扼守的据点，海龙骧师第八团以两个步哨并两个炮队进驻两岛，若是清军大举等到，凭借着这样的支撑点足以坚持到郑军大队往援。

十月二十二日，郑克臧授命郑军水陆师重占南澳、铜山两岛，并设立南铜都督府，一如思明都督府设置兵力，至此从朱锦西征失败后就丢失了两岛重新回到明郑政权的掌握之中，郑军的匕首进一步的顶在了清廷的胸膛上，以至于闽粤两省误以为郑军的大举进攻就在眼前，两省兵力相继开赴沿海，却没有想到郑军只是虚张声势而已，更让粤北、粤西北的反清义军得到了喘息和转入地下的机会。

十月三十日，郑军再占马江口外马祖列岛及连江定海和福宁霞浦治下的四礵列岛及东冲半岛。这些地区都是清军迁海后留下的空白区，但由于郑军的封海毁盐政策却成了另类繁华的销金地，郑军由此部分实现了以战养战的策略。