通过重金贿赂使得清廷使者免去朝鲜国王郊迎仪式后，为了不在礼仪问题再节外生枝，清朝双方很快就开始了对三道沟事件人犯的审讯。在勘罪进程中，为了避免引火烧身，朝王李焞极力主张要“宽大”处理犯罪官民，主动提议将施放鸟枪打伤清军的六名主犯处斩、妻子为奴、其余越境者十九名因同参越境亦处死、涉嫌玩忽职守和纵容越境的朝鲜官员处以革职流二千里及降等二级或五级的惩罚。

勘罪进程完结后，清使申请国王拟定一份谢罪书。此时，朝鲜三公到清使驻地楹外自请受罚，声称让国王以文字书写好像供答于“事体”不安。面对朝鲜方面的态度坚决，拿人手短的清使最后不得以之下只好让国王口头向清廷谢罪。

李焞为此谢罪道：“边民犯法潜越放鸟枪损伤官人??????非敢有一毫漫忽之心，而事至于此，莫非禁令不严之致，今奉皇敕惶悚罔措??????”

看起来三道沟事件到此有了一个不错的结尾，然而朝鲜重臣还来不及感到万幸，事情就起来变化。朝鲜派出以右议政郑载嵩为首的三使臣组成陈奏使抵达北京时，从正准备返回朝鲜的冬至（朝贺）使那里打听到国王被罚银二万两的音讯，三使臣愤愤然，当即决议呈文礼部为国王辩解。他们旁征博引，罗列历代朝鲜人得罪清朝时处罚止于自己而未及国王的事例，指出罚银国王“有乖于大朝前后体贴之盛典”。

接到朝鲜三使臣的呈文后，清朝廷内有人主张立即捉拿三使臣，也有人主张将其押解回朝鲜处置。但由于东南方面明郑的威胁日趋严重，再加上清廷已经隐约听到朝鲜与东宁之间有所联络，因此康熙的态度显得较为宽容。

当清廷礼部提议下发敕书斥责时，康熙指出“此非小事，不必特降谕旨，但照所撰敕语，令该部缮本具奏，俟启奏时，止票依议耳。”康熙考虑到事发之初已经下敕书令察议朝鲜国王，假如再发敕书问罪三使臣，不免使“朝人心思离散、徒徒增益海逆，与国朝有损”。

于是，康熙命令礼部在奏闻时写上问罪三使臣的内容，他自己只表“依议”，这样即可以向朝鲜施压又显示了自己的宽大不至事态发展到清、朝之间出现严重对立的一幕。