宗教裁判所一般设在修道院内，审讯秘密进行。宗教裁判所所制订的审讯条例：有两人作证，控告便能成立。证人如果撤回证词，就按异端同谋犯处理，被告如不认罪，可用刑。被告不仅自己认罪，还须检举同案犯和异端嫌疑犯。为异端辩护者应受罚绝。被告认罪之后，如果翻案，按异端处理。被判为异端者，没收其全部财产。宗教裁判所前后共经历约500年。

西班牙宗教裁判所历时较久，凶残恐怖较著，不仅用来镇压异端，并用来迫害阿拉伯人和犹太人。5世纪以后，西班牙的宗教裁判所最为残暴，仅4年至20年，判处的异端份子达万多人，被火刑处死的达0万余人。而仅仅在40－4年间，被火刑处死的达00人，受惩处者有96494人4－20年间，受迫害者达0余万人，其中三分之一被判处火刑。

到了6世纪中叶，教皇在罗马建立最高异端裁判所。不过因为各国以皇家等贵族势力和宗教势力之间在世纪、9世纪的一次次碰撞中各有胜负，于是为了安定，他们选择了妥协，各国开始实行政教分离。西欧各国宗教裁判所先后被撤销。而西班牙是当时最后撤销的国家。

自从罗马人统治时期开始就确立了天主教国家的地位。公元八世纪至公元十二世纪的“再征服”战争，最后终于将阿拉伯人赶出半岛之后，而以此同时，天主教就顺势的完全控制了整个西班牙。到了中世纪，西班牙“宗教裁判所”横行整个欧洲，滥施酷刑，捕杀异端，上至王公大臣，下至平民百姓无不谈虎色变。甚至是跨国行动。在欧洲宗教改革时期西班牙成为西欧各国的眼中钉。

十八世纪以后，教会和世俗力量之间的矛盾不断激化，阿方索的老祖母，就因为和当时的教宗关系亲密的原因，据说他是她以前的教父，因此他们互相利用的一起掌握了宗教裁判所的实权，所以西班牙的集权的君主就诞生了。而当时反教权运动日益高涨，教会势力逐渐衰败，因此他的祖母伊萨贝拉二世也跟着被信徒们抛弃了逃到了法国。就算因为总教材裁判所的原因让信徒们对教廷有些失望，但是，目前仍有90%以上的西班牙人信奉天主教，其余也有新教徒、犹太教徒和伊斯兰教徒。

现在西班牙全境分4个教区，其中托莱多教区是最大也是最重要的一个。托莱多主教从哥特时期以来就是西班牙的红衣主教。

天主教的影响更多地表现在西班牙人的日常生活中。像其他天主教徒一样，西班牙人一生中最重要的时刻都是在教堂中度过的：出生后的洗礼，第一次领圣餐，婚礼和死后的葬礼。西班牙节日众多，有一个原因就是每一个城市、每一个村子、每一种职业都有一个圣徒作为守护神。每到圣徒生日的时候，这个城市或者行业公会就要举行大弥撒和宗教wu遮大会。另外，每一个教徒也都有自己的守护神，不仅要过自己的生日，也要过圣徒的生日，称作“diadelsanto”。西班牙人的名字大多取自圣徒，最常见的男女名字就是圣父圣母“何塞”和“玛丽亚”，而且不论男女，都经常把这两个名字连用。