军事上，三娘保留了枢密院，设枢密使正副各一人，以种师中为枢密使，卢俊义为枢密副使，种师中年事已高，其实枢密院的实权都在卢俊义手中。再设枢密院同治六人，分别委以关胜、岳飞、林冲、王禀、王彦、呼延灼六人出任。枢密院在三娘的官制体系中更偏向实际领军作战，自扈元朝开国之后，每遇战事都是枢密院内将领出征领军作战。

枢密院内还设参谋部、情报司、海军部三个要害部门。参谋部便是枢密院评估周边诸国实力，推演与假想敌作战方略，拟定各种作战计划，编练天下军马之地。情报司顾名思义便是搜集情报的地方，情报司是偏重军事情报搜集，处于明面上的情报机构，而锦衣卫始终是三娘亲自掌管的大内情报机构，二者互不重叠。海军部便是掌管天下海军的部门，编练天下海军、内河水军，沿岸、沿河防务都属这个部门。

参谋部便是朱武为首，官拜枢密院佥事，下首有唐斌、文仲容、孙安、李应、朱仝、杨志六员大将为辅，官拜枢密院院判。情报司以燕青为首，官拜枢密院佥事，下首马灵、郑鹰、时迁、白胜四人为辅，官拜枢密院院判。

海军部以李俊为首，旗下辖四大海军舰队并长江、黄河两大南北水系内河水军。四大舰队便是北海舰队、南海舰队、东海舰队以及远洋舰队，分别以阮小二、阮小五、阮小七、张顺为提督，总领四大舰队，“赤须龙”费保、“卷毛虎”倪云、“瘦脸熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分为四大舰队副提督。另有张横为内河水师总提督，童威童猛两兄弟分别为南北水师提督。

枢密院下设六部，与宋制相同，也一般的是吏部、工部、户部、礼部、刑部、兵部。每部尚书改为一员，每部侍郎改为六人，每部配属簿书、文吏、算官若干。

凡分受官员禀奏，吏部主管封赏之外，还要管各地官吏的任免、官吏的年绩核考、官吏升迁降职等事务。与宋制不同的是，三娘将各州县小吏也定了品级，正式纳入官员体系，也一般的有升迁调度，而不是像宋朝那样，小吏永远只是小吏，干了几十年还是一个小吏，而且小吏也能通过考核正式升任官员，只不过考核的内容比较变态，难度很高，除了在任时候的政绩之外，还要有一技之长，然后是严格的考试，考试题目自然是类似后世的公务员考试，只不过扈元朝的公务员考试更注重实用。