三年，可以吧青涩少年长成翩翩少年郎。三年，曾经的五影联盟也不欢而散，随之而散的音忍村淡出人们的视线里，但是波风鸣人的名字却如同噩梦一样，悬挂于所有忍者头上的名字也开始渐渐地被人们所遗忘。

五影联盟，虽然这一次成功打败音忍村，但是除了杀死大蛇丸，都没有什么实质性的突破。像忍界sss级忍者波风鸣人，漩涡香韵之类的人物是一个都没有抓到。而且在鸣人的陷害，云隐村彻底和土隐村，雾影村闹翻了，木叶村和三藏武士团保持了中立了。

因为雷影夜月蔼的去世，有八尾人柱力奇拉比继承雷影位置。继承艾的称号。奇拉比继位之时，发出势必和雾隐村、土隐村势不两立。而雾影村和土隐村回击到：“你要闹，我们奉陪。”这一刻，五影联盟彻底撕下伪装的脸皮。

在云隐村与雾隐村、土隐村敌视的时候，木叶开始抓紧重建暗部一职，并且着重培养着木叶十二小强。而自来也和纲手姬同时收木叶十二小强为徒，开始培养木叶下一代。佐助一行人为了追赶鸣人的步伐，拼了命的训练的。他们的实力开始有了翻天覆地的变化。