户部：有十三个司，分别管理各地的收支与报销

礼部：主管国家凶吉大典，教育与考试，招待外宾，宴劳功臣等

兵部：只负责后勤，兵甲等诸事，实际上是军堂的附庸。

刑部：管理天下刑名。

工部：管理建筑、后勤、水利、制造等

监察院：

直属于皇帝的监察部门。下设左右督御史，左右副督御史，左右佥督御史。再往下设十三道监察御史和按察使，十三道监察御史和按察使与直属于皇帝的六科给事中统称“科道”属于言官范畴。

六科给事中：

掌侍从、规谏、补阙、拾遗，以及稽察六部事务。享有“科抄”，“科参”及“注销”之权，注销是指圣旨与奏章每日归附科籍，每五日一送内阁备案，执行机关在指定时限内奉旨处理政务，由六科核查后五日一注销；科抄是指由六科给事中分类抄录朝廷内外章疏及帝王谕旨，按其内容抄送有关官署承办；科参是指上命如有不便，给事中可驳正缴还。

五寺：