大秦庙堂有内阁与军堂之分，内阁名义上总掌国政，但实际上却无法染指军权，除了可以限制皇帝发动战争和在军队预算上进行抵制以外，对于军队的人事调动，任命，作战以及指挥，内阁没有任何话语权。

内阁：

中书，门下，尚书三省并称内阁，为帝朝文官之首，除军堂外，其余诸省，部皆在其下。

建朝之初，大秦并无内阁之设，名义上国政由皇帝和中书宰相共同商议，起草政令，经过门下省同意后，方能交付尚书省实施。其中中书为皇帝的权力，而门下则代表贵族的势力，是故大秦中央可以说是由贵族出身的大臣所组成的合议政体。不过开国五十年期间，太祖，太宗，武帝，三任大秦皇帝几乎大部分的时间都是亲自统率大军在外征战，根本无暇国事，于是太宗（曹昂）继位后，便设立内阁，由三省宰相与他任命的大学士（两人）一起，总理国事，即便还朝以后也只在初一与十五上朝，后来遂沿袭成为了传统。

三省：

中书省掌诏敕，政令之立案起草；

门下负责审议中书之立案，草案，以决定实行与否；

尚书省为行政官署，其下分置吏，户，礼，兵，刑，工六部。各设尚书一人，左右侍郎（副职）、郎中（司长）、主事等。

六部：

吏部：负责官吏的管理，考核，升迁等