传说中，自神话时代以来，雅典娜、波塞冬、哈迪斯三位主神便以大地为赌注，在大地上展开了生死斗争。当三位主神从沉睡中醒来，他们便会以以灵魂降世的方式转身为人类，带领着效忠于自己的战士，为了各自的理想而互相争斗，直到最后的失败来临。但是，主神是不死的，即便是完全战败，降临于人间的肉身被毁灭，结果也不过是被封印而已。几乎每过243年，神的封印力就会减弱到消失的地步，主神们便会再次降临，从而展开新的圣战。

西历198年，战争女神以女婴之身降临于圣域。但那时，双子座的黄金圣斗士撒加被心中的黑暗面引诱，以下克上击杀了位于八十八个星座之上的教皇，并取而代之。在冒充教皇的撒加准备将自己之后最大的威胁降世的女神除去之时，同为黄金圣斗士的射手座战士艾俄罗斯出手救下了还是婴儿的女神，在硬抗了双子座的银河爆炸和赶来的不明真相的山羊座修罗的圣剑后，勉强逃离的艾俄罗斯在将自己的圣衣与女神交给一位名叫城户光政的日本男人后，就伤重而逝。

十三年后，长大的城户纱织带领着数位击杀了圣域刺客的青铜圣斗士来到圣域，正面对抗谋逆的黄金圣斗士……

众神之居所奥林匹斯，山顶天空神殿。

“陛下，北欧奥丁的神衣、神剑已然在此。三名再次背叛天界的暗黑天斗士伏诛。您交予的任务属下幸不辱命。”在被闪电所包围的神殿中，贝尔其巴普单膝跪下，低头对着单手托腮坐在王座上的人影说道。

“……圣斗士，那是我为了雅典娜的安全而赐予的护卫。而这一次，由于雅典娜转世时人格与神格一分为二，我更是用精血赐予天龙、白鸟、凤凰、仙女四个星座，让之与神话时代便守护在雅典娜身旁的天马星座一起作为雅典娜的最后屏障守护在无法随意使用神力的雅典娜周围。”王座上的宙斯看着贝尔其巴普，不、是看着贝尔其巴普身后的虚空，缓缓地说着。

“但是！先是13年前，双子座的圣斗士反叛，在杀掉了坐镇圣域的教皇之后，更是准备秘密谋杀降世的雅典娜；13年后的今天，在雅典娜回归圣域时，不但受到了以双子座的教皇为的圣斗士们的围攻，更被名白银圣斗士击伤；在回到圣域后，虽然有部分黄金圣斗士带领着下位圣斗士们重新投靠了女神，却更有号称圣域最强战士的双鱼座黄金圣斗士带领两位黄金圣斗士投靠了冥王哈迪斯；现在，雅典娜被死敌战神和冥王困在了圣域，除了那数位青铜圣斗士外，居然无人去攻打那朱狄加！”

“那么，‘幻’哟，我命令你，将那些堕落的圣斗士们连同那提坦的主神所造出的傀儡全部抹除。现在，我允许你，奥林匹斯山上的罚斗士们，你可以带上五名前去。”缓缓的站起，宙斯不带感情的吐出了‘消除’的命令。