护国战争爆发后，陆建章命陈树藩率部由同州、蒲城向西，陆承武率"中坚团"由西安往北，两下夹攻，围剿渭北郭坚、曹世英等反陆"股匪"。陈树藩感到陆建章已失尽民心，倒台是迟早的事，因此，暗中也参与反陆运动。陈树藩还未出发，忽接到部下胡景翼的密报，说陆承武率"中坚团"已进驻富平，他们准备乘对方立足未稳之时发动夜袭，活捉陆承武。对此，陈树藩感到左右为难，"中坚团"是陆建章手下最精锐的部队，有一旅之众，而胡景翼只率游击营三百余人，阻止已来不及，增援又怕战败而连累自己，因此，陈树藩只派亲信崔式卿率便衣百余人，子弹数万发，到富平观战。不料，胡景翼夜袭成功，"中坚团"缴械投降，陆承武被活捉。陈树藩又惊又喜，即奔赴富平。有了陆承武这个人质，他敢于公开反陆建章。在胡景翼、郭坚等人的拥戴下，陈树藩于5月9日就任陕西护**总司令，宣布陕西独立。他任命胡景翼为左翼支队长，向西安以东地区挺进；委任郭坚为右翼支队长，向西安以西地区挺进；他则指挥其余部队向西安附近集中，对西安实行大包围。

与此同时，陈树藩派人见陆建章，软硬兼施，陆建章见大势已去，只好答应和平解决，最后达成两项交易：陆建章向北京政府保荐陈树藩取代他出任陕西督军；陈树藩则负责释放陆承武，保护陆家生命财产安全，送出潼关。随后，陈树藩亲自护送陆承武回西安，又亲自护送陆家老少出潼关，但他等不及北京政府的委任，便于5月18日自任陕西督军，通电全国。不久，北京政府也发表陈树藩督理陕西军务的命令。这样，陈树藩初步掌握了陕西的军政大权。

陈树藩在段祺瑞的支持下成功的登上了陕西督军的宝座，毕竟和王振宇一样是年轻人，时年仅仅31岁的陈树藩也是一个雄心勃勃的人物。陕军在他手上开始了大规模的扩充，达到了三个整编师外加三个独立旅的规模，总人数约十万人。不过陕西可比不上王振宇手里的湘西，这个地方在清末民初的时候就一个字可以形容，穷。在这样的省份圈养如此规模的军队注定会是个入不敷出的局面，为此陈树藩决定在陕西大种鸦片以征款。1917年春开始，陈树藩通过各县县长明令农民公开种烟，强令各县按耕地面积的百分之五十交纳烟款。开放烟禁后，陈树藩从中捞到了巨额款项，但给陕西人民带来的痛苦和损失则无法估算。历史上陕西的粮田逐年减少，从产粮区变成缺粮区，陕西吸食鸦片烟的人数达二、三成，造成了极大的危害。

不过现在不存在这个危害了，因为杨森指挥的四万川军浩浩荡荡的开入汉中地区了。陈树藩突然发现自己这个陕西督军能否坚持到1918年都是一个天大的问题，所以他在北京政府一片混乱自顾不暇的情况下，选择了生产自救，亲自指挥陕军主力二个师又二个旅南下汉中和杨森交战。这下子杨森就吃不消了，就算杨森换了新式装备，可两个师的陕军就有差不多四万人枪，外交胡景翼，杨虎城这两个善战的独立旅。于是原本是进攻一方的川军反而让陕军压制的动弹不得，成了防御的一方，好在陕军的装备实在是太差，大刀居然都是普遍装备，这可连川军都不如啊，所以一时半会之间，陈树藩也拿杨森没什么办法。