严格说来，当时的埃及科学院有3大目的：一是在埃及传播知识和技术；二是研究埃及的博物学历史、工业和人文历史；三是“为政府出谋献策”——最后一项实际上是其主要的功能，它是埃及第一个完全有组织的科学智囊团。

科学院分成4个部门：数学部(包括蒙日和拿破伦)、物理和政治经济部(包括解救过约瑟芬的前督政塔里昂)和文学艺术部(包括德农，未来的卢浮宫艺术馆馆长)。拿破伦还亲自在缺乏人才的埃及从自己的军官和士兵中选拔合格的科学院成员。

科学院院址设在被没收的马穆鲁克宫廷，离厄尔费宫仅数英里路程。蒙日、贝托莱和其他院士就居住在这两个宫廷里面。同时，在那里还有植物学、物理学和化学实验室、科学资料和埃及古玩以及拉丁文、希腊文和阿拉伯文的图书馆。