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刘子光回到了上海，这里还有大量的公务需要他来处理，代总督的位子可不是好干的，这短短的几天时间，就有成堆的文件等着他的签字批阅，幸运的是吏部选派的官员已经开始陆续抵达，听说新任的上海总督也已经在路上了，有权不用，过期作废，趁着新总督还没来到，刘子光赶紧把和自己有关的事项处理完毕。

首先是福远号和赖有为的处理问题，在关键的时刻赖有为还是放弃了刘子光抛给他的橄榄枝，和程良珏勾结，妄图设伏消灭红衫团，所以刘子光决定将其处死，以儆效尤，可是老赖毕竟是老赖，不知道使了什么办法，居然从牢房中逃走，消失在上海滩，毕竟人家这些年来不是白混的，刘子光发出海捕文书通缉赖有为，并将福远号所有财产充公，这里面玩了一个猫腻，福远号的大部分金银珠宝和船只人员都被斧头帮接收了，充公的只是一些房产码头之类的不动产，而斧头帮正是南厂的下属机构，所以这些钱还是落到了刘子光的腰包里。

程良珏被抄家，大量的珍稀宝贝装了一车又一车运往京城，这里面有多少会中途消失，谁也不知道，也不想知道，毕竟抄家这种事就是摆明的油水活，皇上让谁抄家，就是让谁发财的道理大家都知道。

程家是豪门大族，刘子光并没有对他们大开杀戒，毕竟江南不能太乱了，但是对于这些豪族的特权必须进行限制，大换血之后的上海道衙门三班六房的头目都是刘子光抽调的嫡系人马，和当地豪族没有任何交情，打击起来也不会徇私枉法，南厂驻扎上海的分支机构也迅速建立，秘密招收了不少外围人员，甚至包括很多西洋人，各种情报搜集工作在有条不紊的进行当中。

藏在崇明的上海卫军队也投降了，为首的叛逆军官逃往海外，剩下的士兵被刘子光打乱整编，从斧头帮挑出一些机灵的人安插进去，新的上海卫变相的被他控制了。

先前那些参加暴乱的水手们，被刘子光客以巨额罚款以后释放了一部分，还有些首恶分子被当街处斩，刘子光认为有必要给他们进行一场法制教育，让他们知道大明朝廷的尊严不容亵渎，谁想这么干就要抱着身首异处的觉悟。