由于战火波及了日本整个海域，因此太平天国也借口保护商路和侨民派遣舰队来到日本。原本日本倒幕派认为太平天国来是帮助自己的，但很可惜，太平天国从始至终都是支持幕府的。因此很快太平天国的舰队也加入到列强的舰队中，一起对付倒幕派。其实原因很简单，倒幕派的活动已经影响了中日正常贸易，作为东亚列强的太平天国当然要武装干涉。

8月15日，中英两国联合舰队共27艘战舰进攻萨摩藩，萨摩藩主屈服 ，转向公武合体（皇室公卿与幕府及各藩的联合）。1863年9月30日，各国联合操纵的幕府势力与公武合体派在京都发动政变，赶走三条实美等倒幕七卿，大肆迫害尊王攘夷派。

到了1864年8月19日。久坂玄瑞等率长州藩兵入京都，与幕府操纵的京都守护军激战，久坂玄瑞等战败自杀。8月24日，幕府在太平天国驻日使馆的授意下。策动天皇下诏 ，以追究禁门之变为由发动第一次征讨长州藩的战争。英、中、美、法、荷五国联合舰队也于9月5日再次进攻下关，长州藩在内外夹攻下失败，对幕府屈服，保守势力重新掌握藩政，高杉晋作等被迫逃亡。

斗争的失利使尊王攘夷派重新考虑战略。1865年春，高杉晋作再度举兵，主张开港讨幕，不再提攘夷，意思就是承认各国在日本的商贸利益，但仍旧准备推翻幕府。至此，尊王攘夷运动向武装倒幕转化，并与萨摩藩结成秘密军事同盟。与此同时，英国也权衡利害，改变策略，援助倒幕派。而太平天国则认为一个混乱的日本更加符合太平天国的利益，于是进一步加强支持幕府，而法国人这一次站在了太平天国这一边，一起支持日本幕府的统治。

于是，倒幕派在1865年开始，在英国的支援下对幕府发动了多次武装进攻，日本幕府有些招架不住，因此派遣了使团前来太平天国寻求帮助。

在北京紫禁城乾清宫内，萧云贵亲切的接见了日本盆友，很快双方就达成了一笔五百万英镑的军火交易，太平天国以平价的价格出售武器给日本幕府，并且答应派遣太平军退役军官以私人身份替幕府训练和整编新式军队。

川路圣谟非常高兴，甚至提出想要出钱雇佣英勇的太平军渡海参与幕府的战争，但被萧云贵委婉的拒绝了。开玩笑，萧云贵知道英法的底限在哪里，大家一边支持一方，大发战争财可以，但绝对不能真的出动军队进行武装干涉，这是大家商量好的规则，反正日本打战死的是日本自己的人，花的是日本自己的钱，但派自己的士兵去参战就不划算了。