在这种强压下。俄国人也无力阻挡，中亚地区俄军兵力不足，希望从东欧地区调集兵力增援，但沙皇亚历山大二世却发现他的国家正陷入农奴改革的危机，大量的农奴起义，他们拒绝了国家的征召。俄国无法抽调足够多的兵力到中亚进行战争，要知道太平天国在中亚组织的军队在最高峰的时候达到了三十万之巨，号称五十万中亚联军。于是在中亚，俄军只能苦苦支撑。

而最后一根击垮俄国的导火索就在远东的北方，在那里俄军再次遭到重大打击。俄军在远东最大的据点要塞雅库茨克被太平军攻陷，四个师的俄军全军覆没，俄国西伯利亚总督穆拉维约夫做了阶下之囚。俄国人在远东最后一点军力也消失了，太平军联合蒙古骑兵在广袤的西伯利亚土地上任意驰骋，在中亚翼王的联军所向披靡，俄国人的势力几乎快要被赶到贝加尔湖以东去了。

同时奥斯曼帝国和奥匈帝国在看到俄国的颓势之后，也在蠢蠢欲动的准备向俄国佬发难，在这种态势下，俄国人只能求和，他们现在正处于克里米亚战败的虚弱期，也处于国内农奴制改革的关键点上，实在无力应对这种规模的战争。于是沙皇不得不下令与中国人进行和谈，希望将战线稳定在现在的基础上，不要再丢失大片的国土了。

1862年4月，一直百余人规模的俄国使节团来到新疆的伊犁，与太平天国的翼王进行和谈，太平天国北京方面也派出了一支使节团参与谈判。

经过十余天的谈判，双方达成了《中俄伊犁条约》，其中第一条是双方东部疆域以贝加尔湖和叶尼塞河为界，以东的大片领土成为太平天国的新领土，而中部以唐努乌梁海、巴尔喀什湖、伊赛克湖为界。第二就是中方在中亚重新恢复哈萨克汗国的地位，俄国予以承认。第三俄国赔偿中方三千万英镑的战争赔款，由于俄国现在很穷，只得用阿拉斯加领土冲抵一部分战争赔款，剩余两千万英镑在二十年内付清。第四双方也开放北边几个主要城市作为贸易口岸。第五俄国花费三百多万英镑赎回远东战争的战俘。

至此俄国双头鹰的东面一个头被彻底斩落，俄国失去了太平洋的出海口，俄国太平洋舰队至此以后不复存在了。