在弗莱彻将军离开后，约克城上的火势倒是渐渐的被控制住了。损管部门表现得很出色，燃油库和弹药库都得到了较好的保护，而且军舰还有自行航行的动力，虽然最高速度已经只有可怜的12节了。在第十七特遣舰队其他舰艇的保护下，她开始向珍珠港转进。

历史上的约克城号就是在退却途中又被日本潜艇袭击而沉没的。但这一次，约克城倒是幸运的躲过了一劫，她最终回到了珍珠港，但却被诊断为损毁过于严重，修复至少需要一年半。而一年半之后，随着新锐舰队航母的不断加入，这条功勋战舰开始退居二线，直到战后，被改装为海军纪念馆。

山本在得知四艘航母全部损失的噩耗后，默然无语。在经过痛苦的思考后，他决定承认失败。下令：“取消占领中途岛的命令。”带领着他的舰队开始返航。

斯普鲁恩斯将军指挥企业号和大黄蜂号又进行了有限的追击，击沉了南云舰队的最上号巡洋舰，然后在黑夜来临前向西方退却。就这样，一场决定向的战役结束了。

和原先的历史相比，战果乍看起来没太大区别，日本一样是损失了4条航母。而美军的约克城号航母虽然没有如历史上那样被击沉，但其结果和被击沉了也没太大区别。但如果考虑到飞行员的损失，就大不相同了。日军飞行员的损失略大于原来的历史，而美军的损失则比原来的历史小得多，更多的经历了战火的飞行员活了下来，并得以成长。这种区别所带来的后果会随着战争的持续而越来越明显。