正在这时候，宇宙中出现一股神秘的力量，破坏着宇宙中生命，表现形式是一种瘟疫，许多星球上文明被摧毁，为防止瘟疫传播，古人切断了星门，四大种族联盟瓦解，asgard转向超空间跃迁和克隆技术方向发展，nox转向精神力量方向，furli等，而象unas这样的种族由于发展阶段仍比较原始，所以他们的文明停滞不前。

瘟疫爆发时，古人正在地球南极建造亚特兰蒂斯城，瘟疫爆发后，古人加快了进度，完成了城市的建造。这里的科学家发现了一个遥远的 星系--飞马星系，通过观测他们认定这是一个有许多适宜星球的星系，一个新的世界。于是古人决定驾驶着亚特兰蒂斯飞向飞马星系，离开后在地球南极留下了南极哨站.到达飞马星系的古人很快就安顿下来，继续他们传播生命的事业，由于刚从大灾难中逃脱，古人加快实验速度，很快飞马星系就遍布了类人生命种族，也建立了新的星门。在地球上南极哨站仅剩下一个女古人（因感染瘟疫被留下）。在飞马星系因古人实验原因出现幽灵，古人最终被击败，于地球历一万年前撤回地球，回到地球后古人发现地球已出现原始人类，但古人无法重建自己的文明。最终部分古人与地球的原始人类融合，为少部分地球人留下了古人基因，剩下的绝大多数已升天。博士认为他们创造了地球古代最早的口语。

本作中设定古人回归地球后击败了高阿乌，古人语言发展成古汉语-象形文字。

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