而桂系陆荣廷，滇军唐继尧在分别控制了湖南和四川两省后，扩张了很大的地盘，不愿意继续打仗，也寻求与直系军阀妥协。桂系军阀陆荣廷，踢开了孙中山通电主和。接着又与 fu达成协议，停战两周，使北洋军获得喘息机会。之后段祺瑞又重新上台，再次组织北洋各军大举进攻，护法军在湖南占领的地盘很快大部丢失。

革命党内部也争权夺利，政学会此时非常看不惯孙中山的作为，极力想要把他拉下马。政学会活动国会非常会议通过了《修正军zheng fu组织法》，要改革制度限制孙中山大元帅的权力。孙中山坚决反对，表示组织法是非法的。

&& qing组织五省联军会议，号称九省联军总司令，根本就不把广东革命zheng fu，不把孙中山看在眼里。于是唐继尧致电西南各省，表示支持改组军zheng fu。

还联合桂系军阀组建各省联合会，彻底抛开孙中山。

在桂滇军阀和政学会政客的压迫下，孙中山黯然辞职。

护法战争让唐继尧扩大了地盘，占据了四川云南贵州三省，广西军阀陆荣廷也扩展了部分地盘，将势力扩大到了湖南，两大军阀满足了扩张私yu后，就把孙中山一脚踢到了一边。孙中山再次流亡国外，护法战争结束了。