康熙二十三年重设浙省水师之时，水师提督下辖直属标兵五营，每营千人，另辖左、右路总兵各一员，每路总兵标下辖中、左、右、前四营，每营亦千人，全师总计一万四千余人。不过所谓的右路水师总兵其实统领的是陆师，并无实际的海上作战能力。

康熙二十四年，郑军攻克温州，受此刺激，清廷正式将院右路水师总兵建制移交浙江陆师提督，改陆师温州镇为水师温州镇以防备郑军的重新登陆浙省。水师温州镇之下设左、右两营，并设磐石水师营和玉环水师营，所部总计官兵四千一百二十七员，各式战船五十五只。

康熙二十五年又因为郑军舟山队进袭宁海和海门（注：淑江口）增设了水师海门协，下辖宁海营、海门、太平三营，计副将以下官兵一千九百二十七员，船二十八只。

康熙二十六年初，原浙江水师提督所属左路水师总兵改称定海镇总兵，下辖中、左、右三营，设有游击、守备、千总、把总等官四十四员，兵二千八百四十一人，各式战船四十二只。此外该镇还辖有镇海水师营、昌石水师营，其中镇海水师营驻定海，有兵一千四百员，船二十余只，昌石水师营驻昌国（注：在象山非舟山本岛）、石浦，有官兵五百七十人，船六只。

除了上述二镇一协之外，浙江水师提督还直辖钱塘水师营、太湖水师营、乍浦水师营等部，不过钱塘等三水师营或扼守浙江或驻防太湖，事实上并没有南下参加攻台一役，因此在扣除了留守后方的营兵之后，随着梁鼐跨海征战的浙省水师实际约九千五百余人，战船一百二十只，其余均为封界令后扣留的民船、商船，所用水夫也多为失业的前商船水手。

不过浙江水师虽然建制完整，水手经验丰富，但就三省水师进攻路线来看，比起以澎湖为中继目标的闽粤水师来，直接攻打台湾本岛的浙省水师的进攻距离最长，所需横渡海峡的时间自然也是最久的。