经过“达*赖喇嘛”的使者的劝说，康熙二十七年五月中旬，噶尔丹果然率领三万大军大举开入喀尔喀蒙古境内。土谢图汗察珲多尔济在六月初得到准格尔东侵的战报，立刻通报额尔德尼召的哲布尊丹巴，哲布尊丹巴从色楞格河调来五千人由察珲多尔济之子噶尔丹多尔济率领与三音诺颜部部长丹津喇嘛之孙率领的五千援军一起增援土谢图汗。

可是这一万多援军尚未与察珲多尔济会师便在特穆尔与准格尔主力遭遇，在一比三的绝对劣势下，土谢图军大败，噶尔丹多尔济领着三百余部逃亡翁吉河一带躲避。得胜的噶尔丹则在审讯俘虏后派出大匠丹津鄂布木前往额尔德尼召抓拿哲布尊丹巴，他本人亲率二万三千多人的主力部队进攻车臣汗本部。

哲布尊丹巴活佛得知准格尔军队袭来，慌乱之中率领土谢图汗的妻子儿女及一众喇嘛、奴仆连夜逃亡车臣汗部。丹津鄂布木在额尔德尼召没有找到哲布尊丹巴，便下令焚烧庙宇和经卷作为报复。由于喀尔喀蒙古本部已经二百多年没有发生大的战乱，曾经武勇的蒙古骑兵如今怯弱的跟母鸡一样，得闻准格尔人大举进攻车臣汗部后，喀尔喀举部大哗，各部纷纷抛弃毡帐、羊群、牛马、骆驼向南方逃亡。

哲布尊丹巴试图阻止逃难的蒙古人，将其重新组织起来增援察珲多尔济，但总归于无效，不得已，哲布尊丹巴也只好跟着难民穿过戈壁大漠，前往漠南蒙古避难。整个内外蒙古的边界上到处是人心惶惶的喀尔喀难民，防守边境各处卡伦（注：哨所）的清军根本无法阻拦，外蒙百姓纷纷涌入锡林郭勒盟的苏尼特、乌珠穆沁等旗境内。

八月三日，噶尔丹率领的准格尔军主力在土拉河（注：今乌兰巴托边上的图勒河）一带遇上察珲多尔济的土谢图军主力。双方激战三日，不分胜负。第三天晚上，准格尔军队夜袭喀尔喀兵营，土谢图军全军大哗，将士相继溃散，直到天亮之后察珲多尔济才设法收拢了部分属下穿过戈壁同样逼入苏尼特旗境内。

此后噶尔丹遇到了前往色愣格斯克参加中俄边界谈判的索额图使团，于是命其带信给康熙，言及“如果哲布尊丹巴投奔皇上，或据之不纳，或者将他抓来送给我。”