清初，刚刚攫取了整个中原繁华地区的建州政权心满意足之下暂时对漠北的喀尔喀蒙古诸部及远在新疆等地的卫拉特蒙古并无领土的**，只是在漠南蒙古苏尼特部叛清投靠喀尔喀的车臣汗后才有豫亲王多铎出面征讨。正是经过这一次征讨，清廷以“九白之贡（注：八匹白马和一头白骆驼）”的方式获得了获得了喀尔喀名义上的宗主权，并据此得到了仲裁喀尔喀蒙古与卫拉特蒙古矛盾的权利。

1653年，卫拉特绰罗斯部洪台吉（注：台吉是蒙古首领的尊号之一）巴图尔去世，继之的僧格又在康熙九年（1670年）为同父异母的兄弟所暗杀，巴图尔的遗孀立刻派人前往拉萨，安排巴图尔的幼子噶尔丹归来继位。

时年26岁的噶尔丹应母亲的请求向第五世达*赖喇嘛罗桑嘉措和西藏第巴（注：执政官）桑结嘉措辞行，得到了两人的许可，达*赖喇嘛还亲自授予他“丹津博硕克图”的头衔，籍此噶尔丹回到家乡后立刻继位为洪台吉。

噶尔丹继位之后不断要求卫拉特蒙古的其余各部族归顺自己，并先后接纳了杜尔伯特部的阿勒达尔台吉、和硕特部的丹津洪台吉、土尔扈特部的衮布台吉等人，引起来其他卫拉特部族的不满。卫拉特蒙古盟主鄂齐尔图车臣汗根据《喀尔喀-卫拉特法典》率部讨伐噶尔丹，但却被噶尔丹击败，至此噶尔丹控制了卫拉特蒙古全境，并取消台吉、济农（副王）、克什（太师）等旧有头衔确立“宰桑”制度。

该制度规定汗国最高权力属于汗廷，可汗身边设立宰桑数名，帮助处理日常事务，凡大事均要禀明大汗。汗庭自上而下设立兀鲁斯、鄂托克、爱马克、四十户、二十户等单位，分别由诺颜、洪台吉、宰桑、爱马克之长、德木其、舒楞额、主管人等大小官员管理，百姓诉讼由扎尔固沁负责，重大案件则由汗国大扎尔固沁裁断。就这样噶尔丹将全部权力控制在自己手中，从而完成了从部落联盟到国家政权的过渡。康熙十七年，五世达*赖喇嘛向噶尔丹赠送了“博硕克图汗”的称号，一个新的准格尔帝国便由此诞生了。”

准格尔帝国肇建之后，噶尔丹继续向外扩张，当年冬天便攻打了青海。青海的和硕特部听到准格尔来攻，退入甘肃，由此惊动了清廷。甘肃守军横戈待枕，由于新生的准噶尔帝国羽翼未丰，噶尔丹明智的避免与清廷正面冲突，在出兵后半个月内便班师返回伊犁。

此后，噶尔丹在康熙十八年攻占了察合台汗后裔统治的哈密和吐鲁番，又在康熙二十年攻占卫兀尔人控制的南疆，康熙二十二年又北上攻占了了安集延，康熙二十三年又征服了浩罕、那木干、玛尔噶朗、塔什干，再过一年又攻占了布哈拉、撒马尔罕，其帝国边境一直扩展到了里海西岸的广大地区。