决战当日，施琅将所部分为四个部分。中路共有五十六艘大型战船，分为八队，每队有七艘船，由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。右路由朱天贵指挥，共辖有五十艘战船，从东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。左路由林贤指挥，也有五十艘船，计划从内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。另外施琅还将八十艘较小的广船、鸟船组成预备队，随时准备增援各路清军。

在发现了清军的动态后，刘国轩当即作出了调整，以江胜所部应对数量较多的中路清军，以陈谅部对付内堑洋面之敌，以邱辉和陈启明两部合力对方出现在鸡笼屿、四角屿海面上的清军，刘国轩则亲率大舰作为预备队并视各个方向的战况予以增援。

明郑方面的目的当然很明确，那在诸岛炮台的掩护下挡住清军大部，先集中力量吃掉清军一翼进而席卷全军，在敌众我寡的形势下，不能不说，这个方略是正确。

双方的战斗很快就打响了，这一天恰逢海上刮起了台风，辰时（7时—9时）左右受台风影响，海上吹的是西北风，郑军凭借着顺风一时占据优势，清军左路李贤部和中路施琅本部为实力相差不大的郑军所阻挠，根本无力突破郑军的海上防御。

右路战场上则出现了一个戏剧性的场面，作为郑军水师前锋的丘辉和林应为儿女亲家，而林应和朱天贵也是儿女亲家，大家又都为明郑的旧日同僚，有这层关系，两船相对的时候，朱天贵站于坐船尾楼上高声大呼“亲家”不止。

当然朱天贵的意思可能是想在战场上招降了邱辉，但脾气火爆的丘辉却对这个叛徒痛恨不已，当即咬牙切齿回应道：“叛贼！背义之人，天所不容！”