后金军终于退了，崇祯让孙承宗主持辽事。

崇祯三年（公元1630年）八月，崇祯帝以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将袁崇焕处死于西市。

崇祯曾经让人审问袁崇焕，并都了毛文龙的功劳：早在广宁失陷以前的1621年，正在练兵的游击毛文龙就受王化贞、熊廷弼派遣深入敌后，联络辽民，以牵制和分散后金的兵力，当时他仅率家丁、军士二百余人，按照许多网友的说法真比李云龙还不如，可后来毛文龙就是用这个班底在敌后策动了声势浩大、风起云涌的反抗运动，被后金视作心腹大患，他所创建的东江镇巍然屹立于敌后，成了牵制后金远途作战的一颗钉子，长期制约着后金南侵的步伐。

天启二年（1622年）八月，毛文龙攻克樱桃涡、涡站。

天启二年（1622年）九月，毛文龙的部队攻克满浦、昌城。

天启二年（1622年）十月，毛文龙部攻克永宁等堡。

天启二年（1622年）十月，毛文龙与后金军在凉马佃大战，双方都付出了重大伤亡。

天启三年（1623年）春，后金反攻旅顺毛文龙部被击溃。

天启三年（1623年）毛文龙不断派人深入后金，进行“煽惑”，致使大批辽民“叛去”，投向明朝。后金的许多贝勒大臣都认为：“毛文龙之患，当速灭耳！文龙一日不灭，则奸叛一日不息，良民一日不宁。”

天启四年（1624年）四月，毛文龙沿鸭绿江秘密北上，进入长白山区，在高岭、沙松牌大战中大败后金，后金仅军官就有16人被俘。

天启四年（1624年）七月，毛文龙又于把骨寨、骨皮宏、分水岭三场大战，三战三胜。

天启五年（1625年），海州（辽宁海城）所属张屯的汉人秘密联络明将毛文龙派兵，袭击本屯的满人（《清太祖武皇帝实录》，卷4，8页），同时在这一年，镇江、凤城、岫岩、长岛、双山、平顶山、海州、鞍山、首山、彰义等十余处掀起了反抗后金的武装斗争。

天启六年（1626年）**哈赤攻宁远时毛文龙袭击永宁，后金被迫回师。

天启六年（1626年）宁远之战后努儿哈赤于四月亲率大军征蒙古喀尔喀，毛文龙随即抄袭后方，因后方吃紧**哈赤被迫回师。

天启七年（1627年）正月至四月，后金以空虚沈阳为代价精锐尽出，以重兵对毛文龙的东江镇和朝鲜发动了“丁卯之役”，毛文龙奋起反抗在铁山、瓶山、昌城、鸭绿江取得的“五战而五胜”，但终因袁大人两次抗命、拒绝策应、最终敷衍了事而贻误了抄袭沈阳的战机，致使关宁军在四个月的时间里未能有效策应朝鲜和东江镇，导致朝鲜和后金结为“兄弟之盟”，毛帅被朝鲜驱逐而退守皮岛。