可就在这时，北方的俄罗斯国渐渐强盛起来，他们在满清刚刚兴起的时候，派了远征军，越过外兴安岭，侵占黑龙江北岸。这时清兵正忙着入关，无暇顾及，俄罗斯将领喀巴罗带了几百个俄兵，又将黑龙江北岸的雅克萨侵占了去，并且用土筑城，派兵驻守。这还不止，俄军又分路沿着黑龙江继续往下，被清都统明安达礼和沙尔呼达先后击退，只是雅克萨依然被他占据。

康熙二十一年的时候，三藩相继削平，康熙便想将侵入境内的俄罗斯人驱逐出去，先派了副都统郎坦，以打猎为名，渡过黑龙江侦察雅克萨的地理形势。不久，郎坦回来报告说，俄军兵力不多，容易扫除。康熙于是决定驱逐俄罗斯，并先命令户部尚书伊桑阿，到宁古塔负责监造大船。又修筑了墨尔根、齐齐哈尔两座城市，增添了十个驿站，以便打起仗来水陆联运军粮。接着，又派遣萨布素为黑龙江将军，筹划战备，同时让蒙古的车臣汗断绝了与俄罗斯的贸易。

康熙二十二年，俄罗斯一名叫模里尼克的将军，率领六十多名哥萨克兵，从雅克萨城出发，到达黑龙江下游时，正好遇到清朝的巡逻船，六十多哥萨克兵全部被捉。模里尼克也被捉住，送到齐齐哈尔关了起来。